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海蛇口自贸区将更加注重金融功能，叠加自贸区政策后，前海蛇口片区将围绕推动人民币国际化、利率及汇率市场化改革，重点在“人民币资本项目可兑换、跨境人民币业务创新、深港金融市场互融互通、投融资便利化”等方面先行先试，支持香港离岸人民币中心建设。
两个都是自贸区，成立时间都差不多，想注册外资企业那么到底如何选择呢？那么我们先看看两地政策各如何呢？
按横琴新区管理委员会印发《横琴新区促进总部经济发展办法》（珠横新办〔2014〕33号）规定，经认定的总部企业，连续5年给予税收奖励：
1、享受15%企业所得税（财税〔2014〕26号文）的总部企业，按其在横琴新区的营业收入、增值收入形成的市级年度财力贡献的50%予以奖励；
2、对不享受15%企业所得税（财税〔2014〕26号文）的总部企业：
（1）跨国公司地区总部企业、国内大企业总部企业、创新金融总部企业，择其一享受：企业年度收入市级财力贡献150%，第一年、第二年分别兑现其中的100%、50%；企业年度企业所得、营业收入、增值收入形成的市级年度财力贡献总额，前两年100%，后三年60%；
（2）成长型总部企业按企业年度企业所得、营业收入、增值收入形成的市级年度财力贡献总额50%予以奖励。
3、总部企业开展跨境创新业务200万元人民币以上的，按其贡献额50%予以奖励。