深圳市最低工资加班费的计算应当是不得低于工资的1.5倍，休息日加班、工作日加班又或是法定节假日加班的加班费计算倍数都是不同的。最低工资加班是可以申请劳动仲裁的。
一、深圳市最低工资加班费怎么算
深圳市最低工资加班费的算法根据不同的加班时间有不同的算法，在下班结束之后加班的，加班工资应该不低于工资的百分之一百五十。如果是在休息日加班的，加班工资应不低于每日工资的百分之两百。如果是法定节假日，加班工资不低于百分之三百。
二、最低工资加班可以仲裁吗
可以。
1.去当地人力资源和社会保障局内的劳动争议仲裁委，申请劳动仲裁。友情提醒，需提交的材料：仲裁申请书2份、申请人身份证复印件1份相关证据复印件和证据清单2份部分地区还需要提供用人单位的工商登记信息。
2.提交材料后，5个工作日仲裁委给予立案。劳动仲裁委不收费。然后给双方举证期之后开庭审理，并且对你们双方进行调解，调解不成仲裁委会下达裁决书劳动仲裁60天内结案对于裁决书不服，我们可以起诉到法院。
3.可以不请当地律师代理，自己亲自处理，我可以为你提供远程指导相关法律文书我写好发给你后，你打印即可，一样能胜诉。
4.申请劳动仲裁期间，不耽误你去新单位工作。
三、加班费需要扣除五险一金吗
加班工资是不纳入社保和公积金的，因为它们计算基数必须是固的，向加班工资是不确认性的，是不能用来做为五险一金的。
《中华人民共和国劳动法》第四十四条规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。