深圳市是农业部首批实施“无公害食品行动计划”的4个试点城市之一。自实施 “无公害食品行动计划”以来，深圳市以提高农产品质量安全水平为目标，不断加大监管力度，推动市、区、街道(镇)三级农产品质量安全管理工作，现已初步建立起了全市农产品质量安全监测网络，生产者和经营者的无公害农产品生产经营意识明显增强，本市生产的农产品基本达到了食用安全标准，全市蔬菜不合格率由试点初期的26％下降至现在的10％左右， 生猪“瘦肉精”污染检出率由41．3％下降到5％左右，全市农产品质量安全水平总体上有了明显提高。 对农产品实行标识管理深圳农业用地资源缺乏，农产品自给率低，80%以上的农产品来源于外地，这加大了质量安全管理的难度。深圳市利用现代科技手段，建立了“无公害农产品质量监测网络管理系统”。这个系统能够记录农产品质检员、产地和检验检测机构的检验检测结果，对每批检验合格的蔬菜出具合格证和条码标签。在农产品批发市场设置条码读码器，对产品条码进行识别。自2002年5月起，深圳市龙岗区平湖镇率先实施了“一猪、 一标、一码”检疫标识管理制度，即对进入屠宰厂屠宰的生猪，须经检疫打上检疫耳标后， 方可进入市场销售。检疫标识管理制度使肉品从屠宰厂到市场实现了“一标到位”，同时， 对于保证检疫质量，打击私宰、接受消费者监督、规范行业管理也产生了积极影响。目前深圳市已开发“肉品质量安全条码管理系统”，利用条码和移动网络技术，对经检验、检疫合格的肉品进行标识和监督管理，以规范肉品市场管理，杜绝未经检疫、检验的动物产品流入市场。
加强产地源头管理实行质量追溯制度，加强对农产品生产源头质量安全的控制，是实施市场准入制度的重要环节。深圳市对批发市场的菜农菜商实行ic卡电脑管理制度，ic卡中记 录了菜农菜商的详细资料，批发市场设置的条码读码器通过识别，可以区分蔬菜是否来自农产品质量管理部门认定的生产基地，并可即时调阅生产基地情况和信誉记录，追踪有毒蔬菜来源，对农药残留污染率进行统计分析，建立重点监控档案。对本地养猪场，深圳市检疫部门按管理权限进行不定期抽检，并在生猪上市前10天进行抽检，抽检合格的在产地检疫证明上加盖“盐酸克伦特罗检验合格”印章。在定点屠宰厂实行查证和“瘦肉精”宰前检测。 对生猪“瘦肉精”检测呈阳性的，由市农林渔业局向产地畜牧行政主管部门通报，暂停该地生猪进入深圳市场，并要求当地主管部门加强对生产者的监管。自2002年10月实施生猪宰前抽检以来，该市共抽检生猪尿样16．2万份，销毁含“瘦肉精”生猪及同批生猪共2314头。
无公害农产品都在专柜销售目前，深圳市有无公害农产品生产基地18个，19家企业的71 个产品获得无公害农产品认证，3家企业的5个产品获绿色食品认证。此外，还开展了无公害农产品专柜销售活动。对长期在农产品批发市场经营蔬菜批发业务，有固定档位、固定生产基地，蔬菜质量稳定，长期检测记录优良的菜档授予“绿色菜档”匾牌。截至目前，共授予 144家经营档位“绿色菜档”匾牌。同时，还在全市57家信誉较好的超市设立了“无公害蔬菜销售专柜”，专柜销售的蔬菜产品必须有外包装和标识，标明产地、生产商的地址和电话、商标、认证机关等。2003年5月，在罗湖水产批发市场创建“放心水产品”档位活动中，8家海鲜品档位被授予“放心水产品”的牌子。深圳市还积极培育农产品产业化品牌企业，支持 业增强品牌意识，提高产品质量。深圳市农牧实业有限公司积极推进产业化经营，在全市建立了19家“美益”鲜肉专销连锁店，实行品牌经营，取得了良好的社会效益和经济效益。