苍蝇的越冬方式颇为复杂。既能以蛹态越冬，也能以蝇蛆、成虫方式越冬。在北方寒带、温带地区，自然界看不到活动态的家蝇，但在人工取暖的室内仍有成蝇活动，蔬菜大棚温室往往成为翌年春暖时苍蝇大量孳生的发源地。在江南和部分华北地区，冬季平均温度在0 ℃以下，苍蝇能够巧妙地以蛹态越冬，少数地区也能发现蛰伏的雌蝇的被畜禽粪覆盖的蝇蛆。在华南亚热带地区，平均气温在5 ℃以上，苍蝇不存在休眠状态，可以继续孳生繁殖。苍蝇是在白昼活动频繁的昆虫，具有明显的趋光性。夜间则静止栖息。活动、栖息场所，取决于蝇种、季节、温度和地域。在某些季节，厩腐蝇、夏侧蝇、市蝇也会侵入住宅内。大头金蝇、丝光绿蝇、丽蝇、伏蝇、麻蝇等则主要活动、栖息于户外。