实验时，蛋白首先在高效液相色谱 中通过c4反相色谱柱进行脱盐，然后在电喷雾离子源实现蛋白离子化，离子化的蛋白进 入质谱，产生原始质谱数据，数据将通过去 卷积软件计算出蛋白质的质量。与tof原理完 全不同，orbitrap采用傅里叶变换进行离子质 量分析，在低质荷比区域，其分辨率可达40 万以上，而tof分辨率仅为数千。在2000- 4000m/z范围，两者分辨率近似，但由于原理 的不同，orbitrap更易于实现基线分离——也 就是说即使在分辨率一致的情况下，相比tof， orbitrap可获得更为清晰的质谱原始数据（图2） [1-3] 。高质量的原始数据为分析结果提供了保 证。在完整单抗分析中，orbitrap准确度一般 为10ppm内（以单抗分子量15万计算，10ppm 约相当于1.5da），而tof为20-30ppm左右。 orbitrap不仅准确度高，更由于在硬件中伴有 离子蓄积设计，而使灵敏度更高（tof质谱受 到分析原理的局限，不能大量蓄积离子分析， 在一定程度上影响了其灵敏度）。在图3中， orbitrap数据清晰地显示出单抗9种不同的糖型 组合，主要峰的质量误差在10ppm之内。
图1：单抗全分子量原始质谱图对比，左为maldi-tof，右为esi-orbitrap数据。其中在对高质 荷比离子进行采集时，由于灵敏度原因，tof只能采用离子的线性飞行模式（此模式下分辨率 仅为数千），而无法采用分辨率更高的反射飞行模式（分辨率可达5万）。
在单抗类药物中，抗体-化学药物偶联物 （ antibody-drug conjugate, adc）利用抗体对 靶细胞的特异性结合能力，输送高细胞毒性 化学药物，来实现对癌变细胞的有效杀伤。 目前，经fda已批准上市的adc药物有三种， 分别为mylotargtm、adcetristm，kadcylatm，分 别治疗急性髓系白血病，霍奇金淋巴瘤，以 及her2阳性的转移性乳腺癌。全分子量测量 技术也可用于 adc 药物的 dar （ drug to antibody ratio）值分析。图4为某adc药物去 糖基化后，orbitrap分析结果，其中偶联了不 同数量化学药物的质谱信号清晰明确，有利 于准确计算dar值（图4中，未标示的峰为 free linker信号）。
在orbitrap平台上还具有一项独特的分析 方法——top down（至上而下）技术。top down是在完整蛋白的状态下，直接对蛋白整 体进行碎裂，通过碎片分析获得蛋白结构信息（图5）。在蛋白药物分析中，可用于电荷 异质性分析的快速方法开发，以及肽图序列 信息验证。
木瓜蛋白酶及还原快速处理后的，分子量约 为2.5万da的重链fab与轻链fab部分进行分子 质量测量时，原始质谱数据可实现同位素分 辨，因而可进行同位素质量计算（在全单抗 分子下，目前各种类型质谱数据仅可做平均 分子量测算）。同位素质量精度较平均分子 量更为精准。在图6中，单抗重链fab与轻链 fab的分析准确度分别达到了惊人的2.7ppm与 0.9ppm（以da计算，质量误差约在小数点后 第二位）。如前所述，加之top down提供的 丰富的碎片信息，此项技术被用于可用于电 荷异质性分析的快速方法开发，以及肽图序 列信息快速验证工作[3] 。
基于orbitrap的全分子量分析工作，可在 数分钟内完成。但事实上，这项看似简单的 分析工作，却蕴含了对质谱准确性、分辨率、 灵敏度、稳定性的多项挑战，却也正好是 orbitrap强大性能的集中体现。orbitrap系列质谱也正是基于这样的品质，为其使用者提供 了最有力的技术保证。