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清整池塘是搞好健康养殖的重要一环，它包括清塘和整修两方面工作。前者指排干池水，挖除过多的淤泥，让池底充分日晒、冰冻或用生石灰、漂白粉等药物全池泼洒以达到杀菌消毒、杀灭敌害生物之目的。后者指池塘加固、查修设施、疏通进排水口等，做好防逃、防渗、防漏工作。
池塘清整好处如下：
1、提高水体载鱼量。
目前部分池塘由于多年没有清淤，池堤塌陷、底淤较多（有的深达０．６～０．７ｍ以上）、塘口变浅，水体空间相对降低，有的水深仅１．２ｍ左右,影响了水体载鱼量。存在易浮头、易发病、产量低等问题，制约着渔业经济的发展。一旦提高亩放养量，夏季极易浮头，易死鱼。只有清除过多的底淤，拓宽生存空间，提高单位面积放养量，才能有效地提高经济效益。
2、减少病害隐患。
池塘淤泥层一般20厘米左右，较为适宜。它有供肥，保肥和调节水质肥度的作用；过多易恶化水质，易缺氧，易发病。底层淤泥多，其中有机质也多，大量的有机质氧化分解，消耗大量氧，往往使池塘下层中本来不多的氧消耗殆尽，造成缺氧状态。在缺氧条件下，嫌气性细菌又大量繁殖，其分解作用，产生很多有害物质如氨、硫化氢、甲烷、有机酸等，对鱼类生长不利。再就淤泥过多，易使水质恶化，酸性增强，病菌易于大量繁殖，同时在不良环境中，鱼体抵抗力减弱，易发生疾病。当天气闷热，突然降雷阵雨，或出现强对流天气，温度变化幅度大于３～５℃时，淤泥多的池塘易缺氧、泛塘、易暴发疾病。
通过清淤，提供良好环境，可减少病害隐患。
3、改良底质，预防疾病。
在清淤的同时，采取冰冻、日晒，或施生石灰法杀菌消毒，改良底质，预防疾病。排干池水，让池底充分接受风吹日晒和冰冻，可杀死许多害虫和细菌，促进淤泥中有机质的氧化分解，为改善水环境创造了条件。清塘药物首选生石灰，剂量：60～100kg/亩（干法）。若不用生石灰，一般建议补施适量生石灰（２０ｋｇ左右／亩）加以改良。
生石灰作用如下：
⑴当ph=11时，能有效杀灭潜藏和繁殖生长在淤泥中的鱼类寄生虫、病原菌、对鱼类有害的昆虫及其幼虫等。
⑵可中和淤泥中的各种有机酸，使池水保持适宜的酸碱度。
⑶提供钙质，促进淤泥中被固定的营养盐的释放，增加池水肥度。
⑷鱼类生长需适宜的碱度、硬度，通过施生石灰，可提高水体的碱度和硬度，增强水体的缓冲能力。
底质好，水质自然好；水质好，底质不一定好。
健康养殖是从综合调控底质与水体水质开始的，底质和水质的好坏直接关系到养殖鱼类能否健康生长。不良环境是养殖鱼类发病的主要因素，致使底质改良为中心的水质管理已成为当今养殖的核心技术。所以底质和水质的好坏是养殖成功与否的关键所在。
底质恶化的原因
随着水产养殖密度的不断增大，以消耗大量高蛋白饲料及污染池塘自身和周边环境为代价来维持生产的养殖模式，破坏了池塘原有的生态平衡；加上养殖户为了防治鱼病，大量使用杀虫剂、消毒剂、抗生素等药物，甚至农药鱼用，并且用药剂量越来越高。这样，在养殖过程中，养殖残饵、粪便、死亡动（植）物尸体和杀虫剂、消毒剂、抗生素等化学物在池底沉积，形成黑色污泥，污泥中含有丰富的有机质，厌氧微生物占主导地位，严重破坏了底质的微生态环境，导致各种有毒有害物质恶化底质，从而危害养殖鱼类。
底质与鱼病的关联
在淤泥较多的池塘中，有机质的氧化分解会消耗掉底层本来并不多的氧气，造成底部处于缺氧状态，形成所谓的“氧债”。在缺氧条件下，嫌气性细菌大量繁殖，分解池塘底部的有机物质而产生大量有毒的中间产物，如nh3、 no2－、h2s、ch4、有机酸、低级胺类、硫醇等。这些物质大都对养殖鱼类有着很大的毒害作用，并且会在水中不断积累，轻则会影响鱼类的生长，饵料系数增大，养殖成本升高。
其中，nh3、no2－、h2s都能引起鱼类的暗浮，nh3含量高时，还会导致各种鱼类的拟出血病；no2－易诱发草鱼出血病，也会提高鱼类对细菌性疾病的易感性，重则引起中毒死亡或泛塘，造成巨大损失。分解产生的有机酸和无机酸，使底质酸化，ph值明显下降。当ph值超过适宜限度时，将影响鱼体呼吸，造成新陈代谢下降，生长发育停滞等一系列异常变化。过酸的水还能刺激鱼类的鳃和皮肤的感觉神经末梢，反射性地影响呼吸运动，使养殖鱼类从水中摄氧能力减弱，从而导致各种疾病。
另一方面，当底质恶化，有害菌会大量繁殖，水中有害菌的数量达到阀值（106cfu/ml）时，养殖动物可能发病。如：由嗜水气单胞菌引起的溃烂病、荧光假单胞菌引起的赤皮病、点状气单胞菌引起的肠炎病和打印病等。
底质与水质的关联
底质的好坏直接影响水质的好坏，水质的好坏是底质的表现形式。水体中藻类的繁殖所需要的营养一部分来源于底泥缓慢释放。藻类的生长不仅需要n、p等营养，而且需要ca、mg、fe、mn、有机酸等微量营养。而在有机质含量高的池塘，底质酸化严重，ca、mg、fe、mn等微量元素以不溶性盐的形式沉积于底泥难以释放，导致营养失衡；当优势藻类被抑制后，水体生态平衡极易破坏，寄生虫、轮虫等大量繁殖和蓝藻、甲藻等劣势藻类繁殖过盛，恶化水质。
底质改良的意义
大量的研究与生产实践证明，池塘淤泥增多，底质恶化是造成池塘底部“氧债”升高，ph值失衡，有毒物质和有害物质增加的罪魁祸首，是造成整个养殖水体水质污染的重要原因。同时，底质恶化也给养殖鱼类带来的各种各样难治的疾病，导致养殖产量上不去，养殖成本增加。池塘环境中，除水源外，底质是影响水质的主要因素，一般新开鱼塘较少发病就是这个原因。
改良底质的方法
以有机物的多少来划分底质有：底瘦和底肥。
底瘦的池塘通常是新塘或清淤翻晒过的养殖池塘，池塘底部有机质少，微生态环境脆弱，不利于微生物的生长繁殖。
底瘦、水瘦的池塘，藻类数量少，饵料生物缺乏，溶氧量往往比较低，水体易出现浑浊或清水。针对这种情况，如果大量浮游动物出现，使用杀虫药局部杀灭浮游动物，并施肥水剂以补充底部和水体的营养物质，调节底部菌群平衡，建立有利于水质的微生物群落。浑浊的水体，可用腐植酸钠投施处理。
底瘦、水肥的池塘，活物饵料丰富，藻类数量多，水体的溶氧丰富。底部供应的营养不足，这样的水质难以维持，容易出现水变倒藻。可施用底改剂补充底部营养和有益菌群的数量。
底肥的池塘，淤泥特别多，有机质相当丰富；同时，底瘦的养殖池塘随养殖过程的进行，残饵、粪便、动（植）物尸体等会越积越多，形成淤泥变成底肥的池塘。
底肥、水肥的池塘，水体粘稠物质多，自净能力差，底层溶氧不足，底泥易发臭。先使用净水剂净化水质或开启增氧机，提高底泥的氧化还原电位。促进有益菌的繁殖，水肥的池塘要防止盲目用药，改用降解型底质改良剂代替吸附性底质改良剂，定向培养有益藻类防止水体老化。
底肥、水瘦的池塘，水体营养不足，藻类生长受限制，水体溶氧量低，底层易出现“氧债”，敌害微生物易繁殖。这种情况，需要底层冲气，提高底泥的氧化还原电位，可施活水剂促进有益菌的生长繁殖，同时施用解毒降氨剂调节水质，降解水体中的毒素，提供丰富的营养，培养有益藻类。防止盲目使用杀虫剂、消毒剂。
总的来说，养鱼先养水，养水先改底，改良底质才是根本。