1、对于农民在其宅基地上建造的房屋应该本着盘活资产，最大化物尽其用的原则，允许小产权房的自由流转。但是因为小产权房是建设在集体土地上的，所以在这个集体内的成员享有优先购买小产权房的权利。外人购买则应当缴纳相应的土地使用费。
目前来讲，宅基地上的土地流转和社会保障息息相关。所以在处理此类问题时，首先一个重要原则就是不危及农民基本的生存权。在农民的基本权益得以保障后再允许其他的房屋流转。也许这是一个解决问题的办法。
2、对于乡镇企业通过合法的审批程序为自己职工建造的住宅，应该允许它流通。通过这样的方式可以不断地促进城乡一体化的发展，有利于带动各项产业的发展，为解决三农问题也提供一些新的思路。当然，在允许流转的同时，企业内部成员具有优先权。
3、对于那些违反土地规划建造在建设用地上的房屋，它属于违法建筑，但是毕竟没有对耕地面积造成很大的侵占，所以在追究其法律责任的时候可以多方面综合考量，通过补办相关手续让其合法化，进而能够正常地进行流转。
4、倘若是侵占了耕地建造的小产权房，那么应该坚决拆除，禁止此类事件的发生。一定要让此类小产权房不能有一丝流转可能。