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关于高新技术知识产权的变化：
呼应《认定办法》的要求，取消了独占许可的方式，明确要求“知识产权权属人应为申请企业”；
新指引对知识产权进行分类，“发明专利（含国防专利）、植物新品种、国家农作物品种、、集成电路布图设计专有权等按ⅰ类评价；实用新型专利、外观设计专利、软件著作权等（不含商标）按ⅱ类评价。”，增加了“国家农作物品种、”等内容，并升级了“植物新品种、集成电路布图设计专有权”的重要性。去掉了对“外观设计专利”在旧指引中“主要是指：运用科学和工程技术的方法，经过研究与开发过程得到的外观设计”的限定。
补充说明了《认定办法》里没有明确知识产权获取年限的要求，即新指引要求“按ⅱ类评价的知识产权在申请高新技术企业时，仅限使用一次。”实际和原来的“近三年获得”的要求类似，只不过放宽了i类知识产权的年限。
新指引要求“在申请高新技术企业及高新技术企业资格存续期内，知识产权有多个权属人时，只能由一个权属人在申请时使用。”将为一些集团公司带来困扰，即一项知识产权不能再多公司使用。
新指引放宽了对专利有效性的认定，企业申请认定前获得授权证书或授权通知书并能提供缴费收据的，均为有效专利。
高新技术企业和高新技术项目所签订的技术合同免征印花税。
高新技术企业和高新技术项目新建或新购置的生产经营场所，自建成或购置之日起五年内免征房产税。
高新技术企业和高新技术项目的科研、生产用地，免收土地使用权出让金;免收购置生产经营用房的交易手续费和产权登记费以及相关收费;契税由财政部门按实际交纳额给予返还。
高新技术企业可按当年销售额的3%-5%提取技术开发费用。对从事集成电路、移动通信和程控交换机、软件、电子计算机、生物技术和新材料等产品生产的企业，经批准可按5%-10%的比例提取。所提取的技术开发费当年未使用完的，余额可结转下一年度，实行差额补提。
高新技术企业和高新技术项目的生产和科研设备，根据实际情况，并按有关制度规定，实行加速折旧，以促进企业设备更新和技术改造。

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